Für den Hybridisierungsnachweis wird der Chip in einem Fluoreszenz-Scanner ausgewertet, der die Signale den Sondenpositionen zuordnet. Es lässt sich eine Aussage über die An- oder Abwesenheit des untersuchten genetischen Markers im Probenmaterial treffen. So können pathogene Bakterien im Produkt ausgeschlossen werden oder eine Starterkultur hinsichtlich ihres Phagenresistenzgenspektrums untersucht werden.

Die im Rahmen des DBU-Projekts neu etablierte Methode zur direkten Fluoreszenz-Markierung von genomischer DNA basiert auf der kovalenten Anbindung von Psoralen-Biotin an die DNA durch UV-Crosslinking und der Detektion nach Zugabe von Streptavidin- Cy5. Durch diese im Vergleich zum Labeling über Nick-Translation oder "random primed labeling" kostengünstigere Methode ist es nun beispielsweise möglich, die DNA von humanpathogenen Bakterien wie Salmonellen oder Listerien direkt, ohne Amplifizierung in der PCR-Reaktion, nachzuweisen.